Las causas precisas que llevan al IBS aún no se conocen completamente. La opinión compartida por los expertos es que se trata de un trastorno multifactorial, en el que muchos factores pueden influir en la aparición de los síntomas, entre otros, factores psicológicos que no deben subestimarse, como la ansiedad, el estrés y el nerviosismo.
Más allá de la variabilidad de los síntomas derivados de causas diferentes, es importante comprender que los síntomas del IBS se deben en parte a una aumentada permeabilidad de la mucosa intestinal, que expone las capas inferiores a un contacto no fisiológico con las sustancias irritantes normalmente presentes en el intestino, volviéndolo hipersensible.